薛己无论治病还是养生，都强调脾胃的重要性，脾肾兼顾，反对过服寒凉攻伐之药。这源于他对《内经》的研究，他认为《内经》“千言万语，旨在说明人有胃气则生，以及四时皆以胃气为本”。这与东垣之说是一脉相承的。生理上，人体之所以有生机活力，全赖脾胃的滋养与健运，所以“人以脾胃为本，纳五谷，化精液，其清者入营，浊者入卫，阴阳得此，是谓橐龠，故阳则发于四肢，阴则发于五脏，土旺于四时，善载万物，人得土以养百骸，身失土以枯四肢”；在对疾病的认识上，同样强调脾胃之衰是万病之源，他认为“大凡内因之症，原脾胃虚弱，当审所致之由，而调养之，若稍重其剂，复伤胃气，则虚证蜂起”。甚至提到某些外感疾病也是由于脾胃虚弱、元气不足引起，他说“若人体脾胃充实，营血健壮，经隧流行而邪自无所容”。强调“凡医者不理脾胃及养血安神，治标不治本，是不明正理也”。

　　 薛己重视脾胃，同样重视肾命，认为肾阴肾阳为脏腑阴阳之根本，五脏病久则波及于肾，使肾命受损，故肾命亦为治疗疾病的根本之脏。临床中“治脾无效，则求之于肾”，“若左尺脉虚弱而细数者，是左肾之真阴不足也，用六味丸；右尺脉迟软或沉细而数绝者，是命门之相火不足也，用八味丸……”因而薛氏常以六味、八味调肾命阴阳水火。